Технология дедупликации данных в продуктах Microsoft началась с выходом Windows 2000 Server. В Remote Installation Services использовался файловый фильтр Single Instance Storage, который находил одинаковые файлы в папке RemoteInstall и заменял их символическими ссылками. Таким образом, появлялась возможность хранения множества дистрибутивов для распространения через RIS. Файлы дистрибутивов на диске хранились в единственном экзмпляре, существенно экономя дисковое пространство. В практически неизменном виде технология присутствует и в Windows Server 2003 RIS и в Windows Server 2008 Deployment Services. Для System Center Data Protection Manager и для Exchange Server были также созданы SIS фильтры экономии дискового пространства для резервных копий и писем соответственно. В Windows Storage Server 2003 впервые технология стала доступна для пользовательских данных. И именно в таком виде она сейчас существует в Windows Storage Server 2008 R2.

В Windows Server 2012 развитие технологии позволило перенести эту функциональность из семейства Storage в редакции Standard и Datacenter. Более того, произошел перевод фильтра с файлового уровня на блочный. Теперь не обязательно иметь одинаковые файлы для экономии дискового пространства. Достаточно чтобы эти файлы имели частично одинаковое содержимое. Как нельзя лучше для этой цели подходят, к примеру, VHD-диски, которые в большинстве своём состоят из одних и тех же файлов. Задействовав  Data Deduplication на томах с виртуальными машинами и библиотеками шаблонов, появляется возможность существенно экономить дисковое пространство.

Кроме того, частично использовать возможности дедупликации можно и на предыдущих версиях Windows Server, в частности на Windows Server. После установки компонента Data Deduplication необходимо из каталога \Windows\System32\ скопировать файл утилиты DDPEval.exe. Инструмент позволяет, используя определенный синтаксис команды, оценить возможность экономии для локальных и удаленных папок